Młyny Rothera są położone na Wyspie Młyńskiej i sąsiadują bezpośrednio z nurtem rzeki. Ich historia sięga I połowy XIX wieku. Kiedyś Bydgoszcz była ośrodkiem handlu zbożem i drewnem, przez co regularnie powstawały tam młyny i piekarnie. W 1826 roku utworzono spółkę Bydgoskie Młyny "Herkules", którą w 1842 przejęły Prusy. Christian Von Rother wydał polecenie rozbudowy kompleksu młyńskiego.
Budowa młynów Rothera rozpoczęła się w 1846 roku. Najpierw trzeba było przygotować teren, tj. wzmocnić go drewnianymi palami, zabezpieczyć przed szkodliwym wpływem wody i przekopać Kanał Zbożowy. Po 5 latach oczom mieszkańców ukazał się spory budynek z magazynem zbożowym, spichlerzem mącznym oraz maszynownią z kominem.
Wielkie koła napędzane energią wodną zaczęły mielić zboże. W tamtym czasie młyny Rothera produkowały 40 ton mąki dziennie. Warto dodać, że na jednej zmianie pracowało tylko 11 osób. W czasie II wojny światowej budynek nie został zniszczony, ale wywieziono znajdujące się w nim zapasy. Od tamtej pory pełnił wyłącznie funkcję magazynową. Na początku lat 90. z młynów planowano zrobić trzygwiazdkowy hotel z centrum rekreacyjnym. Ten pomysł nie doczekał się jednak realizacji.
Młyny Rothera stały i niszczały. Wszystko zmieniło się w 2013 roku, kiedy miasto odkupiło nieruchomość. W latach 2016-2018 zabezpieczono budynek przed zniszczeniem. Stworzono trzy ekspozycje interaktywne: Ogród Wody, Centrum Wiedzy i Edukacji o Mózgu oraz Bydgoskie Dziedzictwo Kultury Przemysłowej. W 2022 roku młyny zostały otwarte. Turyści znów chętnie zaczęli je odwiedzać i obecnie jest to jedno z najbardziej charakterystycznych i lubianych miejsc w Bydgoszczy. Budynek wygląda jak połączenie zabytku z nowoczesnością. Na zewnątrz znajduje się fontanna, a w środku odbywają się wystawy i targi. Pod koniec 2023 roku młyny Rothera zostały laureatem konkursu na Najlepszy Produkt Turystyczny i otrzymały Certyfikat Polskiej Organizacji Turystycznej.